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癌症基因检测技术优劣势大对比!


1、等位基因特异性PCR。

优点:敏感-突变需要1-5%。不需要特殊的设备。

缺点:目标特异性无法检测到肿瘤DNA可能存在的其他突变。

2.Sanger双氧测量序列。

优点:可以检测到各种未知的突变。如果第一次从样本中提取融合转录物的RNA,可用于基因检测是否融合。不需要特殊的设备。

缺点:劳动强度大,需要突变DNA20-25%。无法检测到外显或基因文案数量的变化。

3.焦磷酸测量序列。

优点:快速敏感地检测5%水平的突变DNA。

缺点:需要焦磷酸序列器的肿瘤DNA可以检测到的突变类型受到限制。

4.质量谱法。

优点:敏感,5-10%可靠地测试突变DNA的多个基因。

缺点:需要质谱仪器的SNV特异性,无法检测可能存在的肿瘤DNA中的其他突变。

5、单碱扩展测量。

优点:敏感,可靠地检测突变DNA,测试5-10%存在的多个基因。不需要特殊的设备。

缺点:SNV特异性无法检测肿瘤DNA中可能存在的其他突变。

6.多连接依赖性探针扩大-MLPA。

优点:快速且可同时检测多个突变。不需要特殊的设备。可以检测到10%的目标SNV。

缺点:外显或基因复制数变异检测需要突变DNA以20-40%的水平存在。针对性的SNV和外显子和基因文案数变体全是特异性,不可以检测肿瘤DNA中的别的突变。试剂盒可能不适用于感兴趣的基因或突变。新鲜冷冻组织的检测效果优于石蜡埋入组织提取DNA。

7、荧光原位杂交-FISH。

优点:基于简单检测基因复印数的变化和目标的SV,这些SV不易用其他方法检测的细胞成像可以检测细胞中的事件。

缺点:需要石蜡填埋组织未染色的切片的实体肿瘤中发生的大部分突变类型无法检测出来。

8、新一代测序-扩大捕获。

优点:单个碱基替换和更复杂的突变可以同时检测,包括单次测量中许多基因的重复、插入、缺失和插入。需要少量的脱氧核糖核酸。检测顺序到高复盖深度(1000x复盖率)时,检测低丰度突变敏感。

缺点:需要与昂贵的其他分子检测方法完全不同的DNA制备方法。无法检测基因文案数的变化和SV。

9、新一代测序-杂交捕捉。

优点:可同时检测单个测量中多个基因的替换、重复、插入、缺失、插入和外部显子和基因复制数的变化。探针也可以设计为捕捉频繁重排的基因中的选择性易位断点,如FoundationOneTM。

缺点:与传统上用于其他分子突变测定的完全不同的DNA制备方法需要更多肿瘤组织的复杂生物信息学。

10、新一代测序-全外显子组测序。

优点:综合性中等。在同一个检测中,可同时检测多个基因中的替换、重复、插入、缺失、插入和外显和基因复制数量的变化。

缺点:昂贵的肿瘤组织需要与传统用于其他分子突变检测技术的DNA制备方法完全不同的复杂生物信息学。

11、下一代测序-全基因组测序。

优点:最全面。可同时检测整个基因组的更换、重复、插入、缺失、插入、基因和外显子复制数的变化和染色体的逆转和易位。

缺点:高产量和低产量与传统用于大多数突变检测技术的DNA制备方法完全不同。需要更多肿瘤组织的复杂生物信息学的数据存储和处理有很大的计算需求。

12、数字PCR-ddPCR。

优点:高级敏感性和特异性比较便宜。

缺点:只能检测出已知的有针对性,限于检测出的突变类型的各测定只能检测出有限数量的突变。


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